La estación de tren de Mérida se encuentra al norte del centro urbano. Cuenta con dos plantas, aunque solo la planta baja está abierta al público. Cuenta con puntos de información, venta de billetes, máquinas expendedoras, aseos y cafetería. En el exterior hay una zona de aparcamiento accesible, así como una parada de taxis.

Actualmente Mérida cuenta con dos servicios diarios de larga distancia servidos por Talgo. Uno en sentido Badajoz y uno en sentido Madrid-Chamartín.

La estación sí mantiene en cambio importantes servicios de media distancia que se cubren con trenes Regional Exprés e Intercity. Gracias a ellos es posible viajar directamente a ciudades como Madrid, Sevilla, Ciudad Real, Badajoz, Cáceres, Don Benito-Villanueva de la Serena, Zafra, Almendralejo o Plasencia.

Ofrece el servicio Atendo, servicio gratuito de asistencia a personas con discapacidad permanente o de carácter temporal. Puede solicitarlo para sus viajes de Larga Distancia,  y Media Distancia,  llamando al (+34) 917 744 040.

El teléfono gratuito 900 400 555 es un servicio asociado a la compra de billetes y solicitud del servicio Atendo para personas con discapacidad visual.

Permite la compra, cambio y anulación de billetes, así como la solicitud de asistencia Atendo en el momento de la compra.