La estación de tren de Alcalá de Henares se ubica cerca del casco antiguo, en la Plaza del 11 de marzo. Además cuenta con otras dos paradas de cercanías: La Garena y Universidad de Alcalá. Ofrece principalmente servicios de trenes de media distancia y cercanías, comunicándose con Madrid en poco más de media hora, con acceso a la red de ciudades AVE en la capital.
Cerca de la estación hay paradas de autobús urbano con las líneas 2 y 12.

Si eres una persona con movilidad reducida consulta el Servicio Atendo para acceder al tren en las estaciones. Adif también ofrece el servicio Dialoga para personas con discapacidad auditiva, a través de Telesor y de las app disponibles para entorno Android e iOS. Si tienes alguna duda, el teléfono gratuito Accesibilidad de Renfe cercanías es el 900 920 922.

Si tienes una discapacidad igual o superior al 33% o si eres pensionista mayor de 18 años en situación de incapacidad permanente, puedes acogerte a los descuentos que ofrece la Tarjeta Dorada. Puede comprarse en las taquillas de las estaciones o en agencias de viaje, presentando el certificado, la tarjeta de discapacidad o documentación acreditativa. Tiene una validez de un año.